Rosa van Lima werd geboren als Isabel de Flores y de Oliva, tussen 20 en 30 april 1586, in de Dominicusstraat in Lima, Peru. Ze was de dochter van Gaspar Flores uit Puerto Rico en Maria de Oliva uit Huáuco, Peru. Bij haar vormsel zag een jongetje haar gezicht bloeien als een roos; vandaar de naam Rosa.
Ze groeide op in welstand maar leidde, tegen de zin van haar moeder die haar graag goed zag trouwen, een streng godsdienstig leven. Tien jaar lang duurde deze strijd met haar moeder. Rosa nam Catharina van Siena als voorbeeld en legde een gelofte af om ongetrouwd te blijven.